Тогда, руководя греческой командой, 60-летний специалист атаковал арбитра встречи Бенджамина Уильямса, в результате чего УЕФА дисквалифицировал Сантуша на восемь игр. Таким образом, Фернанду не сможет присутствовать на тренерской скамейке португальцев на протяжении всего отборочного цикла.
Сборную Португалии Сантуш возглавил в конце сентября спустя четыре года пребывания в Греции. Под его руководством "европейские бразильцы" достаточно неожиданно проиграли дома в первом матче отборочной компании Албании со счетом 0:1. В следующей игре португальцы сразятся на выезде с Данией 14 октября.